Mažiems vaikams, esant hormoniniams sutrikimams, gydymą gali sudaryti injekcijos Testosteronas, kurių dozes ir reguliarumą nustato endokrinologas. Šis gerai prižiūrimas gydymas padidina varpos dydį. Kai mikrovarpą sukelia testosteronui nejautrūs varpos audiniai, šis hormoninis gydymas neduoda jokio poveikio.

Kuo anksčiau bus aptiktas mikropenis, tuo greičiau bus pradėtas gydymas, tuo jis bus efektyvesnis. Gydymo gali prireikti ir brendimo metu. Po brendimo hormoninis gydymas nebeefektyvus, nes audiniai nebereaguoja taip pat.

Chirurginis mikropenio gydymas     

Suaugus, kai mikropenis nebuvo gydomas arba gydymas nebuvo pakankamai veiksmingas, chirurgija yra įmanoma. Tačiau tai ne visada duoda įtikinamų rezultatų.

Raiščio atkarpa sustabdomas varpos, kuri eina nuo varpos iki gaktos, gali būti pasiūlyta. Jis jokiu būdu nekeičia varpos, bet iš dalies atskiria jį nuo gaktos, todėl jis atrodo ilgesnis. Pastebimas padidėjimas yra 1–2 cm suglebusios būsenos ir 1,7 cm erekcijos būsenoje. Šis pailgėjimas pasiekiamas dėl nestabilios erekcijos varpos, nes jis prasčiau prisitvirtina prie gaktos, todėl prasiskverbimas gali būti ne toks lengvas.

THE,enautologinė riebalų injekcija apima riebalų suleidimą tiriamajam po jo varpos oda. Tai jokiu būdu nepailgina varpos, bet vizualiai pastorina. Laikui bėgant organizmas nepasisavina tik dalies riebalų (nuo 10 iki 50 %, priklausomai nuo tiriamojo). Rezorbcija gali būti netolygi ir sukelti "rožinio" varpos išvaizdą.

Mikropenis gali turėti reikšmingų psichologinių atgarsių, ypač paauglystėje, svarbu, kad žmogui būtų suteikta pagalba ir atsižvelgta į jo abejones.